En raison de son caractère particulier, la SFBT entretient des relations naturelles avec les autres Sociétés francophones à vocation pluridisciplinaire. Plusieurs de ses adhérents participent, entre autres, aux activités du Groupe d'Etudes des Rythmes Biologiques (le GERB, en tant que personne collective, a obtenu le statut de membre de la SFBT), du Groupe de Réflexions Transdisciplinaires (l'organisateur du séminaire de 1996, Marc JARRY, anime le GRT en tant que Vice-Président), ou du Comité des Travaux Historiques et Scientifiques (deux membres de la SFBT, Henri VÉRINE et Jacques VIRET, sont mandatés en tant qu'interface avec ce Comité).
À son intégration dans le réseau pluridisciplinaire francophone, la SFBT ajoute divers contacts avec d'autres Sociétés de Biologie Théorique. En particulier, certains de ses membres ont participé activement à la fondation de l' European Society for Mathematical and Theoretical Biology (ESMTB) qui a été créée à Grenoble, en 1991, à l'issue de la Première Conférence Internationale de Mathématiques appliquées à la Biologie et à la Médecine (Actes de la Conférence : Mathematics applied to Biology and Medicine. J. Demongeot & V. Capasso, eds. (1993), Wuerz Publishing Ltd, Winnipeg, 545 pages).
Cette Société Européenne se donne pour tâche de fédérer une part importante des activités de Biologie Théorique entre différents pays : Allemagne, France, Grande-Bretagne, Italie et Pays-Bas. Un membre du Conseil d'Administration de la SFBT, Jacques DEMONGEOT, a été Président de l'ESMTB. Marcelle Kaufman (membre du Conseil d'Administration de la SFBT) et Philippe Tracqui (Vice-Président de la SFBT) font partie du Bureau de l'ESMTB.