La Société Francophone de Biologie Théorique (SFBT) est l'aboutissement d'une longue histoire. En effet, sa création (en 1985) succède à celle de l' Association pour le développement de Méthodes Théoriques destinées à la Biologie (AMTB) qui, elle-même, fait suite à plusieurs événements fondateurs étroitement associés les uns aux autres.
En 1975, Henri-Jean MARESQUELLE, professeur à l'Université de Strasbourg, prit coutume de réunir plusieurs de ses collègues, venus d'horizons scientifiques très divers, autour de tables rondes qui se tenaient deux fois par an. Au cours de ces rencontres eurent lieu des discussions très informelles (et scientifiquement fructueuses) sur des thèmes tels que la thermodynamique et ses implications en biologie. Ces tables rondes prirent le nom de Club MARESQUELLE de Biologie Théorique après le décès accidentel de leur créateur, en 1977. Leurs activités se poursuivirent jusqu'en 1984 (18ème réunion, centrée sur le thème de la phyllotaxie).
C'est dans ce contexte qu'apparut l'idée d'un colloque sur les modèles, concrétisée en 1978 par Pierre DELATTRE et Michel THELLIER (Actes du colloque : collection Recherches interdisciplinaires, Maloine, 1979, 748 pages). Le projet d'une école de biologie théorique fut élaboré à la suite de ce colloque : la première école eut lieu en 1980 sous l'égide du CNRS.
La vocation initiale de l'AMTB fut de faciliter matériellement la tenue des écoles suivantes ; mais l'association s'est aussi donné un but plus général, celui de "promouvoir le développement des méthodes et des formalismes théoriques utiles aux recherches biologiques fondamentales et à leurs applications pratiques" (Journal Officiel du 15 novembre 1981, p.9999).